Metode penilaian mahasiswa di Fakultas Ilmu Kesehatan menggunakan metode yang beragam, diantaranya tugas terstruktur, project, ujian tengah semester (UTS), ujian akhir semester (UAS), ujian praktikum, dsb. Ujian akhir semester dilaksanakan setiap akhir semester via e-learning. Prinsip penilaian yang dikembangkan di Fakultas llmu Kesehatan adalah edukatif, otentik, obyektif, akuntabel, dan transparan.